Ny aftale med Aarhus Kommune 1999
I 1999 blev der lavet en ny aftale med Aarhus Kommune. Aftalen betød, at perioden for eneretten til de koncessionerede opgaver blev afkortet fra 2014 til 2006. Samtidig blev Aarhus Kommune opdelt i seks udbudsområder med henblik på et årligt udbud i de efterfølgende år. Det første område blev udbudt i 2001 og det sidste i 2005.
MiljøTeam A/S
Samtidig blev det aftalt, at der skulle etableres et aktieselskab til at forestå den erhvervsmæssige del af affaldsindsamlingen. Det betød, at der pr. 1. januar 2000 blev etableret et datterselskab - MiljøTeam A/S. Dette selskab forestår udover affaldsindsamling fra erhvervsvirksomheder desuden indsamling af dagrenovation i flere kommuner. MiljøTeam A/S blev pr. 1. maj 2005 solgt til DSV A/S.
Fra driftsselskab til forbrugerpolitisk organisation
Den nye aftale med Aarhus Kommune indebar også, at Århus MiljøCenter skiftede karakter. Fra at være et driftsselskab, der indsamlede affald, er Århus MiljøCenter nu en forbrugerpolitisk organisation, der tilbyder en række koncepter, ydelser og produkter inden for affalds- og miljøområdet.